スマホアプリで納付した場合、領収証書が発行されないため、領収証書と兼ねている継続検査（車検）用納税証明書も利用できません。別途証明書の交付申請が必要です。
継続検査用納税証明書が必要な方は、コンビニエンスストアや金融機関窓口で納付されることをお勧めします。
継続検査用納税証明書の交付申請についてはこちらをご覧ください。
https://www.city.kobe.lg.jp/a16422/kurashi/registration/shinsei/shoumeisho/ga1143001.html