法人市民税は、法人税(国税）の額に応じて決まる「法人税割」と法人の規模に応じて決まる「均等割」から成り立っています。
神戸市内に事務所等を設けて活動をし、赤字の場合（法人税割の課税標準となる法人税額が0円場合）、法人税割はかかりません。
均等割については赤字であってもかかります。 本店が神戸市以外にある場合でも、支店や営業所等が神戸市内にあれば、同様に法人市民税がかかります。
【関連リンク】
法人市民税 確定申告書
https://www.city.kobe.lg.jp/a35984/kurashi/tax/houjin/houjinshiminzei_kakutei.html